Trải qua nửa thế kỷ xây dựng và trưởng thành, Viện Hóa học Môi trường quân sự (VHHMTQS) đã khẳng định vị thế là cơ sở nghiên cứu đầu ngành của Quân đội và Nhà nước trong lĩnh vực phòng chống vũ khí hủy diệt lớn và bảo vệ môi trường. Tiền thân của Viện là Ban Kỹ thuật hóa nghiệm, thành lập ngày 20/8/1960, một đơn vị nòng cốt đã lập nhiều chiến công trong việc nghiên cứu khắc phục chất độc hóa học của Mỹ trên chiến trường, bảo đảm cho bộ đội "phòng chống tốt, chiến đấu giỏi". Bước ngoặt lịch sử diễn ra vào ngày 21/9/1976, khi Viện Hóa học quân sự chính thức được thành lập theo Quyết định số 213/QĐ-TM, đánh dấu sự phát triển cả về bề rộng lẫn chiều sâu để đáp ứng yêu cầu xây dựng quân đội chính quy, hiện đại.
Trong giai đoạn đổi mới, Viện đã chủ động mở rộng chức năng nhiệm vụ, mang thêm tên đối ngoại là Trung tâm Công nghệ xử lý môi trường (CTET) từ ngày 21/10/1993. Với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong nghiên cứu và ứng dụng, Trung tâm CTET đã vinh dự được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân lần thứ nhất vào năm 2009. Tiếp đó, ngày 16/3/2009, Viện HHMTQS hiện nay được hình thành trên cơ sở hợp nhất Trung tâm CTET và Phân viện Phòng chống vũ khí NBC, tạo nên sức mạnh tổng hợp mới. Đặc biệt, năm 2019, trên cơ sở kiện toàn Trung tâm CTET, Trung tâm Hành động quốc gia khắc phục hậu quả chất độc hóa học và môi trường (NACCET) đã ra đời, khẳng định vai trò chủ trì điều phối cấp quốc gia trong việc xử lý các "điểm nóng" dioxin và sự cố môi trường.
Suốt 50 năm qua, từ việc xử lý triệt để dioxin tại các sân bay Đà Nẵng, Biên Hòa, A So đến ứng phó kịp thời các sự cố như vụ cháy Rạng Đông hay đại dịch COVID-19, Viện luôn hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Ghi nhận những đóng góp to lớn đó, ngày 12/8/2025, Chủ tịch nước đã ký quyết định phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân lần thứ hai cho Viện HHMTQS. Đây là mốc son chói lọi nhân kỷ niệm 50 năm ngày truyền thống (21/9/1976 - 21/9/2026), là nguồn động lực to lớn để các thế hệ cán bộ, chiến sĩ tiếp tục phát huy tinh thần tự lực tự cường, đoàn kết sáng tạo, xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện "Mẫu mực, tiêu biểu" trong tình hình mới.